Přetisk bílé barvy. Například bílé logo nebo text v barevné ploše. Pokud má nastavený přetisk bílé, tak se nevytiskne. Zkontrolovat to lze v nastavení Acrobatu – Náhled přetisku nebo například v InDesignu – Náhled výtažků. Stává se to často třeba při změně původní 100 % černé (mívá automaticky nastavený přetisk) na bílou, kde může přetisk zůstat nastavený. Pozor – tisk na běžné tiskárně může být vpořádku, přesto je PDF špatné. Většina tiskáren nemá poscript a výstup na tiskárnu probíhá jinak než na RIPu. Náhled přetisku jde také zapnout ve většině grafických programů (InDesign, Illustrator, Corel).
Přetisk černé. Ve většině případů je nastaven přetisk černé (100%K) automaticky a většinou je to v pořádku. Pokud ale použijete větší plochu černé, bude kresba pod černou prosvítat a působit rušivě. V tomto případě musíte přetisk černé vypnout.
Chybí spadávka. Taková zakázka někdy nejde vůbec vytisknout a případné zvětšení a oříznutí znehodnotí celý výsledek nebo dokonce něco na stránce chybí (odřízne se).
Verze PDF není 1.3. Vyšší verze nemusí být korektně zpracovány.
PDF obsahuje průhlednosti. Pokud požijete správně PDF 1.3, tak budou průhlednosti sloučené, protože PDF 1.3 je nepodporuje. To je možné až v dalších verzích. Průhlednosti se mohou při RIPování špatně sloučit a dojít k chybě. Také výrazně prodlužují dobu zpracování zakázky. V konečné fázi se stejně vždy musí sloučit.
PDF obsahuje barvy Pantone, ale tiskne se CMYK. Některé barvy Pantone se po převodu do CMYK hodně změní. Existuje srovnávací vzorník pro převod. Pokud se netisknou jako přímé, není důvod je používat. Výsledný tisk pak může být barevně úplně jiný než byl záměr. Nejhorší varianta je pokud se jedna barva Pantone tiskne jako přímá a v PDF jich je víc. Taková zakázka nemusí jít vůbec zpracovat nebo dochází k chybám, záměnám apod.
Tiskové značky (ořezové, pasovací, škály, popisy) zasahují do spadávky. Pozor na implicitní nastavení v aplikacích. Ve všech programech určených pro předtiskovou přípravu jde nastavit vzdálenost tiskových značek. Bohužel implicitní nastavení nebývá správné (např. InDesign). Je potřeba tuto hodnotu nastavit podle použité spadávky – stejnou nebo o něco větší hodnotu (typicky 2,5 mm). Nesprávné nastavení komplikuje výrobu, hlavně knihařské zpracování a fakticky zmenšuje spadávku.
PDF obsahuje OPI vazby. Většinou se při zpracování nic nestane, ale může nastat situace, kdy RIP použije pouze náhled obrázku pro tisk. Vypnuté OPI vazby tuto možnost vyloučí.
Při výstupu do PDF je zapnutá volba „simulovat přetisk“. Tato volba je pro výstup na „obyčejné“ tiskárny které neumějí pracovat s přetiskem. Pro výstup do PDF určené k dalšímu zpracování u nás (i jinde) NESMÍ být tato volba při výstupu zapnutá. Může způsobit chyby v barevnosti.
PDF obsahuje definici barev RGB (nebo LAB). V tomto případě nelze zaručit správnou výslednou barevnost. Pro převod z RGB do CMYK existuje mnoho způsobů a převádí se podle různých profilů a výsledky mohou být velmi odlišné.
PDF je vytvořeno exportem (ne tiskem). Export do PDF nebývá vždy korektní. Situace se sice stále zlepšuje, například v novějších verzích InDesignu nebo Corelu lze export použít. Vytvoření PDF tiskem na „Adobe PDF“ nebo do poscriptu a následné distilaci dostanete korektní PDF (pozor na správné nastavení Distileru v obou případech).